Как правильно сформировать счет – фактуру, если в накладной есть изменения (артикулы / количество)? Как правильно указывать в счете-фактуре цены?

В случае получения акта о расхождение по количеству на его основе формируется бумажный корректировочный счет-фактура. 

Цены указываются в соответствии с Прейскурантом и/или Формуляром (Приложение 2А к Договору поставки).

Вопросы, касательно приемки товара адресуйте в приемки соответствующих магазинов.